Dr. Ernst Rudolf Hammerschlag wurde am 13. Februar 1894 in Wien als Sohn des Mediziners Albert Hammerschlag und Leontine Hammerschlag geboren.
Nach der Absolvierung der Matura am Josefstädter Oberrealgymnasium in Wien im Jahr 1912 begann er mit dem Studium der Medizin, das er mit Ausbruch des Ersten Weltkriegs unterbrechen musste.
Im Frühjahr 1915 geriet er in Przemysl in russische Kriegsgefangenschaft, aus der er sich durch Flucht aus einem sibirischen Kriegsgefangenenlager entziehen konnte.
Nach dem Krieg setzte er das Studium der Medizin an der Universität Wien fort und schloss es im Februar 1923 mit seiner Promotion ab.
Danach arbeitete er an der I. medizinischen Abteilung des Kaiser-Franz-Joseph-Spitals unter dem Vorstand Professor Josef Wiesel (1876-1928), wo er seine Facharztausbildung zum Internisten absolvierte und eine Reihe wissenschaftlicher Arbeiten publizierte.
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Darunter den 1925 erschienenen Aufsatz „Ein Fall von wahrem Aneurysma des Ductus arteriosus Botalli“ und die 1926 im Wiener Archiv für innere Medizin veröffentlichte Arbeit „Über die konstitutionelle Disposition zum akuten Gelenkrheumatismus“.
Ab 1929 war er als Assistent an der I. medizinischen Abteilung des von der „Samuel Canning Childs Stiftung zur Erforschung und Behandlung innerer Krankheiten und des Krebses“ gegründeten und vom Direktor Adolf Edelmann (1885-1939) geführten S. Hammerschlag war Mitglied der Gesellschaft der Ärzte in Wien, seit 1931 Mitglied der Gesellschaft für innere Medizin, und gehörte der in Wien ansässigen Arbeitsgemeinschaft für gesundheitliche Volksbildung an, in deren Veranstaltungsreihen er in den 1930er Jahren regelmäßig Vorträge hielt.
1936 trat er der Freimaurerloge B’nai Brith bei.
Ernst Hammerschlag war Hausarzt von Sigmund Freund, mit dem schon sein Vater Albert und sein Großvater Samuel Hammerschlag eng befreundet waren.
Im Jänner 1938 wurde noch sein Redebeitrag in der Sitzung der Gesellschaft für innere Medizin vom 27.
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Ernst Hammerschlag, der wegen seiner jüdischen Herkunft von den Nationalsozialisten verfolgt wurde, gelang am 27. Juni 1938 über Le Havre mit der SS Normandie die Flucht in die USA.
Hier begann er an der New York School of Psychiatry mit dem Studium der Psychiatrie und arbeitete danach am Mount Sinai und Lenox Hill Hospital, sowie als außerordentlicher Professor an der New York School of Psychiatry.
Er gehörte in New York bald zu den bekanntesten und prominentesten Psychiatern und Psychotherapeuten und publizierte daneben u.a. 1949 mit dem 1936 aus Österreich in die USA emigrierten Mediziner David Adlersberg (1897-1960) die Arbeit „Mechanism of the Postgastrectomy Syndrome“.
Hammerschlag verstarb am 29. Oktober 1973 in New York.
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